После подавления бунта Екатерина II начала предпринимать последовательные меры по предотвращению возможных возмущений в будущем. Желая стереть из памяти народа ненавистные имена, связанные с Пугачевским движением, императрица изменила названия различных мест; так станица Зимовейская на Дону, где родился Пугачев, была переименована в Потемкинскую; Екатерина II велела сжечь дом, где родился Пугачев. Река Яик была названа Уралом. Яицкое войско Уральским казачьим войском, Яицкий городок — Уральском, Верхне-Яицкая пристань — Верхнеуральском и т. д. При этом старые названия были запрещены к употреблению и упоминанию. Было строжайше запрещено упоминать даже имя Пугачева, а его восстание в документах стали называть «известное народное замешательство». Именной указ Сената по этому поводу гласит:
«...для совершенного забвения сего на Яике последовавшего несчастного происшествия, реку Яик, по которой, как оное войско, так и город его название свое доныне имели, по причине той, что оная река проистекает из Уральских гор, переименовать Уралом, а потому и войско наименовать Уральским, и впредь яицким не называть, равно и Яицкому городу называться отныне Уральск; о чем для сведения и исполнения сим и публикуется».
7 ноября 1775 года Екатерина II подписала закон «Учреждения для управления губерний», в соответствии с которым размеры губернии были уменьшены, их число увеличено вдвое, ликвидированы провинции (в ряде губерний вместо них были выделены области) и изменена нарезка уездов. В среднем в губернии проживало 300—400 тысяч человек, в уезде — 20—30 тысяч. Процесс замены старых губерний новыми, некоторые из которых назвали «наместничествами», растянулся на 10 лет (1775—1785 годах). За этот период были образованы 40 наместничеств и губерний, а также 2 области на правах губернии.
Во главе губерний встали либо губернаторы, либо в особо важных регионах генерал-губернаторы. Губернии в свою очередь были поделены на уезды со своими центрами власти — уездными городами и местной администрацией. Крупных населенных пунктов на всю эту масштабную реформу не хватило, поэтому многие из поселков были произведены в города авансом, простым росчерком пера. И, надо сказать, что большинство счастливцев своим шансом со временем воспользовалось. Так и получилось, что в царствование Екатерины в России формально появилось больше городов, чем когда бы то ни было. В 1793—1796 годах из вновь присоединенных земель было образовано еще 8 новых губерний, так что к концу правления Екатерины II Россия делилась на 50 наместничеств и губерний и 1 область.
Реконструкции подвергся и весь чиновничий аппарат на местах. В городах появились «городской голова» и совет, избранный из представителей, зарегистрированных гильдий. Все эти местные центры власти были подотчетны соответствующим коллегиям в столице. Судя по тому, что перекроенная Россия просуществовала в таком виде вплоть до отмены крепостного права, административную реформу Екатерина провела добротно.
В Оренбургском крае увеличилась раздача казенных земель в виде «всемилостивейших пожалований» офицерам, чиновникам, казачьим старшинам, участвовавшим в подавлении крестьянской войны. В 1798 г. в губернии началось генеральное межевание земель. Оно закрепило за помещиками все их земли, включая и самовольно захваченные. Правительство поощряло дворянско-помещичью колонизацию края, поэтому в последней четверти XVIII в. усилилось переселение помещиков и их крестьян особенно в Бугурусланский и Бузулукский уезды. За последнюю четверть XVIII в. в Оренбургской губернии образовалось 150 новых дворянских владений.
Многое было сделано и для сплочения дворянства. Именно с екатерининских времен в русском языке появилось словосочетание «предводитель дворянства». Это была выборная должность, что подразумевало увеличение ответственности как самого «предводителя», так и дворян в целом. Правда, этот выбор должен был еще одобрить губернатор. На разных уровнях, в губернии и в уездах, дворянство избирало и исправника, наделенного полицейской, правовой и дисциплинарной властью. Получило дворянство от императрицы также ряд дополнительных льгот и привилегий.
Стремясь подчинить казачество своим интересам, превратить его из зачинщика народных движений в карательную силу, власти, опираясь на атаманско-старшинскую верхушку, делают некоторые уступки казачьему управлению, но вместе с тем постепенно реформируют его на армейский лад. Казачьим верхам предоставляется право владения крепостными дворовыми людьми, даются офицерские чины и дворянство.
В какой-то степени пугачевское восстание подтолкнуло правительство к ликвидации Запорожской Сечи, которая всегда оставалась потенциальным очагом смуты. 14 августа 1775 года Екатерина II подписала манифест «Об уничтожении Запорожской Сечи и о причислении оной к Новороссийской губернии». Бывшие казацкие старшины уравнивались в правах с дворянством, прочим предлагалось вступить в ряды гусар или драгун. Были конфискованы архив, казна, а также воинские знамена. Запорожская Сечь была ликвидирована, просуществовав около 250 лет. Запорожские казаки получили выбор — вступить в ряды официальных воинских частей или покинуть территорию. Часть казаков не готовы были расстаться с вольницей и терпеть суровые армейские порядки и, перейдя через Крымское Ханство, осталась в Турции. Так появилась Задунайская Сечь. Из оставшихся казаков было сформировано «Войско верных казаков (запорожских)» под руководством Суворова. Это войско участвовало во многих битвах русско-турецкой войны 1787—1792 годов и впоследствии было вознаграждено Екатериной II — на заселение и освоение казакам была выделена левобережная область Кубани.
Царское правительство способствовало распространению крепостничества среди нерусских народностей края. Указом от 22 февраля 1784 г. было закреплено одворянивание местной знати. Татарским и башкирским князьям и мурзам разрешено было пользоваться «вольностями и преимуществами» российского дворянства, включая и право владения крепостными, правда только мусульманского вероисповедания. Однако, опасаясь новых народных выступлений, царизм не решился полностью закрепостить нерусское население края. Башкиры и мишари были оставлены на положении военно-служилого населения. В 1798 году было введено кантонное управление в Башкирии. В образованных 24 областях-кантонах управление осуществлялось на военный лад.
Кроме этого, в правительственном манифесте 1775 года «о свободе предпринимательства» вводились некоторые льготы для населения, в виде отмены налогов и откупов на промыслы, а так же разрешение на открытие кустарного производства для всех желающих (налоги были возвращены в 1782 году). Некоторые послабления были сделаны для фабричных крестьян, снизили подати для казаков.