Летом 1774 года, помимо разрозненных очагов восстания, организованный характер имели боевые действия в Башкирии. Салават Юлаев вместе со своим отцом Юлаем Азналиным возглавлял повстанческое движение на Сибирской дороге, Каранай Муратов, Качкын Самаров, Селяусин Кинзин — на Ногайской, Базаргул Юнаев, Юламан Кушаев и Мухамет Сафаров — в Башкирском Зауралье. Они сковывали значительный контингент правительственных войск. В начале августа был предпринят даже новый штурм Уфы, но в результате слабой организации взаимодействия между различными отрядами и уверенных действий сводного отряда под командованием подполковника Рылеева — однополчанина Михельсона, защищавшего Уфу с июня, он сложился неудачно. Тревожили набегами на всем протяжении пограничной линии от Сибири до Каспия казахские отряды. Губернатор Рейнсдорп докладывал: «Башкирцы и киргизцы не усмиряются, последние поминутно переходят через Яик, и из-под Оренбурга хватают людей. Войски здешние или преследуют Пугачева, или заграждают ему путь, и на киргизцев идти мне не льзя, хана и салтанов я увещеваю. Они отвечали, что они не могут удержать киргизцев, коих вся орда бунтует».
С поимкой Пугачева и направлением в Башкирию освободившихся правительственных войск начался переход башкирских старшин на сторону правительства, многие из них присоединились к карательным отрядам. К 10 ноября 1774 года лишь 6 известных башкирских старшин продолжали сопротивление, но в течение ноября большинство из них уговорили явиться с повинной. Свой последний бой Салават Юлаев дал 20 ноября под осажденным им Катав-Ивановским заводом и после поражения был пленен 25 ноября. Отдельные отряды в Башкирии продолжали сопротивление до лета 1775. Среди башкир и заводских крестьян ходили слухи о скором возвращении избежавшего плена Пугачева, приписные отказывались от возвращения к работе. Владельцы заводов требовали присылки воинских команд на каждый завод для «приведения в надлежащее послушание заводских крестьян». В 1775 году Панин был вынужден рекомендовать призывать к заводским работам так, «чтоб к народному возмущению ни малейшего поводу подавано не было».
До лета 1775 года продолжались волнения в Воронежской губернии, в Тамбовском уезде и по рекам Хопру и Вороне. Действовавшие отряды были небольшими, но по словам очевидца майора Сверчкова, «многие помещики, оставя свои домы и экономии, отъезжают в отдаленные места, а оставшие в домах спасают жизнь от угрожающей гибели, ночуют по лесам». До лета 1775 года продолжали скрываться и тревожить поместья вооруженные отряды беглых крестьян и казаков вдоль всей Волги — у Нижнего Новгорода, Саратова, Пензы, Шацка, Елатьмы, Касимова, вынуждая только что вернувшихся в свои разоренные усадьбы помещиков снова спасаться бегством. В низовьях Волги, у Астрахани, действовали отряды «понизовой вольницы», называвшие себя «пугачами» для наведения пущего страха.
Чтобы сбить волну мятежей, правительственные отряды начали массовые казни. В каждой деревне, в каждом городке, принимавшем Пугачева, на виселицы и «глаголи», с которых едва успели снять повешенных самозванцем офицеров, помещиков, судейских, стали вешать вожаков бунтов и назначенных пугачевцами городских глав и атаманов местных отрядов. Для усиления устрашающего эффекта виселицы устанавливались на плоты и пускались по главным рекам восстания. В середине июля в Оренбурге состоялась казнь Хлопуши: его отрубленную голову на шесте установили в центре города. При проведении следствия применялся весь средневековый набор испытанных средств. По жестокости и количеству жертв Пугачев и правительство не уступили друг другу.
«Матушке Екатерине» хотелось, чтобы память о Пугачевщине стерлась. Она даже велела переименовать реку, где начался бунт: и стал Яик — Уралом. Яицких казаков и Яицкий городок приказано было звать уральскими. Станицу Зимовейскую, родину Стеньки Разина и Емельяна Пугачева, окрестили по-новому — Потемкинской. Однако Пугач запомнился народу. Старики всерьез рассказывали, что Емельян Иванович — это оживший Разин, и вернется он еще не раз на Дон; по Руси звучали песни и ходили легенды о грозном «императоре и его детушках».