В октябре 1773 года восстание охватило большую часть Оренбургской губернии. Пока главная армия Пугачева стояла под Оренбургом, небольшие отряды повстанцев, пользуясь сочувствием местного населения, легко овладевали крепостями и населенными пунктами. Помещики, заслышав о восстании, бежали из своих имений. Мятежные казаки появлялись в деревнях и селах, где запрещали мужикам работать на помещиков, а порой вместе с этими же мужиками грабили господские дома, а то и убивали самих господ, не успевших скрыться. В первые же дни осады Оренбурга к Пугачеву пришли многочисленные башкирские отряды, в том числе отряд Кинзи Арсланова, ставшего верным соратником Пугачева и возглавившего башкир, входящих в состав пугачевского войска, осаждавшего Оренбург. В начале ноября у деревни Юзеевки на сторону восставших перешел большой отряд под начальством Салавата Юлаева, направленного Пугачевым для набора башкир Сибирской дороги.
Тогда же благодаря пугачевским посланцам, распространявшим указы от имени «Петра Федоровича», и слухам о восстании бунтовать стали заводские работные люди на Урале. В октябре 1773 года к восстанию Пугачева присоединились 13 из 129 действовавших там металлургических заводов. Всего на сторону Пугачева во время восстания перешло 64 уральских завода. Однако в то же время 28 заводов держали оборону против пугачевцев, а еще 15 заводов, находившихся вне территории восстания, посылали людей в правительственные отряды, сражавшиеся с бунтовщиками. Сопротивление отрядам «Петра III» было обусловлено не только тем, что хозяева и управители подкупали и запугивали своих работников, но и бесчинствами, чинимыми в отношении местного населения повстанцами, в особенности башкирами: грабежами и убийствами, сожжением домов и пр.
Нападения башкир на заводы начались уже в октябре 1773 года — почти сразу после того, как они стали присоединяться к «Петру Федоровичу». Впрочем, многие башкирские и мишарские старшины в это время еще не сделали окончательный выбор, на чьей они стороне, и по-настоящему пугачевщина запылает здесь несколько позже. В октябре 1773 года к самозванцу примкнули ставропольские калмыки (они были подняты на восстание пугачевским полковником Дмитрием Лысовым), а также отдельные отряды киргиз-кайсаков (казахов), в то время как другие казахи, воспользовавшись беспорядками, уже с сентября того же года начали совершать набеги в пределы Оренбургской губернии.
Восстание, охватившее Оренбуржье, в любой момент могло перекинуться на соседние территории, например на Казанскую губернию, обороноспособность которой оставляла желать лучшего. Здесь в то время находилось всего три гарнизонных батальона. Что же касается местных жителей, то, по мнению казанского губернатора Якова Брандта, высказанному в начале октября 1773 года, на них было нельзя было рассчитывать: «Земледельцы разных родов, а особливо помещичьи крестьяне, по их легкомыслию, в сем случае весьма опасны, и нет надежды, чтобы помещики крестьян своих с пользой могли употребить себе и обществу в оборону».
По предложению губернатора местные дворяне вооружали своих дворовых для защиты губернии. Для этих же целей Брандт приказал возвратить посланных для набора рекрутов «нижних чинов» в Казань и Симбирск, а также привлечь к защите отставных солдат. Кроме этого, губернатор обратился за помощью. 8 октября главнокомандующий в Москве генерал-аншеф Михаил Никитич Волконский получил донесение от Брандта и направил в Казань отряд в 300 человек из Томского полка с одним орудием, а также сообщил о начавшемся бунте президенту Военной коллегии графу Захару Григорьевичу Чернышеву.
Вести о бунте достигли Петербурга лишь 14 октября — именно в этот день в столицу были доставлены письмо Волконского Чернышеву и донесения в Военную коллегию Рейнсдорпа от 29 сентября и Брандта от 2 октября. В то время Россия воевала с Турцией и опасалась войны со Швецией, а потому свободных войск в распоряжении правительства не имелось. Перебрасывать же полки, находившиеся на границе, означало придать мятежу слишком серьезное значение и ненужную огласку. В результате войска против самозваного «Петра Федоровича» пришлось, по замечанию Н.Ф. Дубровина, собирать «по клочкам, небольшими разрозненными командами, и отправлять на театр действий без всякой связи и единства».
Из Калуги в Казань командировали генерал-майора Фреймана, в 1772 году усмирявшего бунт яицких казаков. С ним были 300 рядовых и оставшиеся три орудия пехотного Томского полка. В Казань отправили также гренадерскую роту (182 человека) с двумя орудиями. Царицынскому коменданту полковнику Цыплетеву было приказано не допустить переправы Пугачева через Волгу «для следования на Кубань», а коменданту крепости Святого Димитрия Ростовского генерал-майору Потапову предписывалось не допустить самозванца на Дон. Главнокомандующим войсками, посланными против Пугачева, был назначен генерал-майор Василий Алексеевич Кар. В его распоряжение поступали как отряды, направлявшиеся в Казань, так и «тамо находящиеся войска». Кроме этого, ему были даны полномочия привлечь «башкирцев и поселенных в Казанской губернии отставных столько, сколько надобность потребует».
Когда на заседании Государственного совета 15 октября императрица спросила, достаточны ли меры, принятые против бунтовщиков, члены совета ответили утвердительно. Большинство сановников в то время полагали, будто новый бунт «не может иметь следствий, кроме что расстроить рекрутский набор и умножить ослушников и разбойников». На следующий день был издан манифест, в котором императрица изобличала самозванца и призывала мятежников «отстать» от него. Чтобы не придавать делу излишнюю огласку, в сенатской типографии было выпущено всего 200 экземпляров манифеста для объявления мятежникам и жителям примкнувших к восстанию районов.
Первоначально отряд Кара состоял всего из 522 человек при шести орудиях, а его командир не ожидал сопротивления со стороны повстанцев. Находясь на границе Казанской губернии, в письме Екатерине II от 31 октября он писал: «Опасаюсь только того, что сии разбойники, сведав о приближении команд, не обратились бы в бег...» Чтобы преградить Пугачеву путь к отступлению, генерал Кар приказал симбирскому коменданту полковнику Чернышеву занять Татищеву крепость. Шестого ноября Кар со своим отрядом при пяти орудиях дошел до деревень Мустафиной и Сарманаевой и решил подождать здесь присылки из Казани артиллерии и прибытия роты 2-го гренадерского полка. В то время под его командованием находилось 1467 человек — офицеры и солдаты Томского и Вятского полков, посланные из Москвы, а также гарнизонные солдаты, татары, конные поселенцы и экономические крестьяне, собранные Брандтом; таким образом, его отряд больше чем наполовину был укомплектован людьми, малопригодными для военных действий, а орудия оставляли желать лучшего.
Из Верхнеозерной крепости к Оренбургу двигался отряд бригадира Корфа, а к Татищевой крепости — отряд Чернышева. Кроме того, в Орске располагались значительные силы под командованием Деколонга. Как писал Н.Ф. Дубровин, «при одновременном и единодушном действии этих отрядов, подкрепленных еще вылазкой из Оренбурга, конечно, толпа мятежников не в состоянии была бы бороться с регулярными войсками». Однако Кар даже не подозревал о близком присутствии отрядов Деколонга и Корфа, как, впрочем, и Деколонг с Корфом не имели никаких известий о Каре. К тому же Кар имел весьма скудные сведения и о противнике — он лишь знал, что тот «стоит под Оренбургом по реке Сакмаре до Сакмарского казачьего городка». Как уверил его Брандт, войско самозванца немногочисленно «и состоит из сущей сволочи».
Чем ближе подходил Кар к Оренбургу, тем больше убеждался в том, что «весь здешний край в смятении». Это и обусловило полное отсутствие у Кара информации о пугачевцах, в то время как Пугачев прекрасно знал о продвижении Кара от разных «приезжих мужиков». О приближении войск Кара Пугачеву доложили в начале ноября, и он выслал навстречу противнику разведывательный отряд в 60 человек во главе с сотником Яковом Пономаревым. Выяснив, «сколь велика с генералом Каром команда», Пономарев «прислал к злодею просить еще, чтоб дал на подмогу людей». Во главе посланной подмоги были поставлены Овчинников и Зарубин. О численности их отряда Пугачев говорил по-разному на разных этапах следствия: на допросе в Яицком городке обозначил ее в три сотни казаков и четыре пушки, а на большом московском допросе увеличил до пятисот человек, а к пушкам прибавил еще два «единорога» (гаубицы).
У генерала Кара разведка была плохой, а потому он ничего не знал о приближении отряда Овчинникова и Зарубина. Правда, 7 ноября от товарища уфимского воеводы Богданова он получил сведения, что атаман Хлопуша возвращается в пугачевский лагерь «с Овзяно-Петровского Демидова завода с возмутившимися крестьянами под препровождением пяти сот человек башкирцев и везет пушки и мортиры». Генерал решил их перехватить, приказав секунд-майору Шишкину «с четырмя стами рядовых и двумя пушками, выступя из Мустафиной, занять деревню Юзееву», сам же «с достальными людьми» последовал за ним. Однако авангард шишкинского отряда «под самой Юзеевой деревней» был неожиданно атакован Зарубиным, «при чем тотчас осьмнадцать человек татар к злодеям без малейшего сопротивления предались». Остальные же на призывы бунтовщиков переходить на их сторону ответили огнем. Повстанцы, «убитых и раненых своих подхватя в бывшие при них сани, ускакали за деревню». Шишкин вошел в Юзееву, а ночью с остальными войсками подтянулся Кар.
На рассвете 8 ноября появились повстанцы. По словам Кара, было их «сот до шести с одною трехчетвертною пушкою». Пугачевцев начали уговаривать, чтобы они «отстали от чинимого ими злодеяния». Однако в ответ они начали стрелять из пушки. Кар приказал открыть артиллерийский огонь, после чего повстанцы отступили. На помощь Кару шла вторая гренадерская рота во главе с поручиком Карташевым. Овчинников и Чика, расположившиеся в двух верстах от Юзеевой, узнали об этой подмоге от захваченного в плен квартирмейстера и довольно легко ее перехватили. Большая часть карташевцев перешла на сторону Пугачева, лишь два офицера — командир отряда Александр Карташев и его брат Михаил — были казнены (еще семеро, скорее всего, погибли во время обстрела), а примерно 180 человек отправлены в Берду.
9 ноября Кар выступил из Юзеевой, но был окружен пучевцами. В донесении в Военную коллегию от 11 ноября генерал так сообщал об этом: «со всех сторон, а особливо из деревни Юзеевой... наскакало сих злодеев на меня верхами более двух тысяч человек (к отряду Овчинникова-Зарубина присоединились люди Хлопуши) и, подвезя артиллерии девять орудий, начали стрелять ядрами и гранатами. <...> по неимению при мне легких войск не можно мне было ничего с ними сделать, кроме что отстреливаться по их батареям из имевшегося со мною одного осьмифунтового единорога, под которым напоследок подбили лафет, и четырех трехфунтовых пушек, из коих три весьма безнадежные». При этом Кар отдал должное противнику: «...сии злодеи ничего не рискуют, а чиня всякие пакости и смертные убивства, как ветер по степи разсеваются, а артиллериею своею чрезвычайно вредят; отбивать же ее атакою пехоты также трудно, да почти и нельзя, потому что они всегда стреляют из нея, имея для отводу готовых лошадей, и как скоро приближаться пехота станет, то они, отвезя ее лошадьми далее на другую гору, и опять стрелять начинают, что весьма проворно делают и стреляют не так, как бы от мужиков ожидать должно было».
Кару пришлось отступить, тем более что помощи ждать было неоткуда: башкиры и мещеряки, «услыша пушечную стрельбу... уехали в сторону, верст за тридцать». Нетрудно догадаться, что впоследствии они перешли на сторону повстанцев. Пугачевцы преследовали Кара 17 верст в течение восьми часов и, как уверял Овчинников, могли бы и вовсе разгромить его, но «не достало у нас картузов» — шерстяных мешков с зарядом пороха для пушек. Однако хотя отряд Кара не был разгромлен полностью, но за время боевых действий 7—9 ноября потерял, помимо бежавших к повстанцам и обмороженных, 123 человека убитыми и больше не представлял опасности для бунтовщиков. Победоносное войско вернулось в Берду.
В то же время к Оренбургу продвигались с войсками симбирский комендант полковник Чернышев и бригадир Корф. Впрочем, и Кар, дождавшись прибытия подкрепления, артиллерии и боеприпасов, заготовив продовольствие и закупив теплую одежду для солдат, намеревался вместе с Чернышевым напасть на восставших. 10 ноября Кар отправил Чернышеву приказ прекратить движение к Оренбургу и остановиться в Переволоцкой крепости или вовсе отступить к Сорочинской, однако его курьер был схвачен пугачевцами.
Не зная о приказе Кара, Чернышев приближался к Чернореченской крепости в 18 верстах восточнее Оренбурга. О своем намерении прибыть в Чернореченскую Чернышев сообщил Рейнсдорпу. К тому времени губернатор уже получил донесение приближавшегося к Оренбургу Корфа. В ночь на 13 ноября узнавший о подкреплении Рейнсдорп повелел обоим военачальникам, «выступя с начлегов своих на разсвете», следовать «к Оренбургу в боевом порядке». Кроме того, Чернышеву и Корфу сообщалось, что в случае сражения с бунтовщиками им на помощь из Оренбурга выйдет команда в 850 человек. Как писал дворянин Сукин из губернаторского окружения, «можно было ласкать себя надеждою, что во оной [день] будут злодеи с трех сторон нечаянно атакованы, и совершенное разорение их шайке последовать может». Однако Чернышев не получил губернаторского наставления, а потому надежды на разгром мятежников оказались тщетными.
Пугачев со своим войском встретил Чернышева утром 13 ноября в четырех с половиной верстах от Оренбурга у Маячной горы. Бой продолжался недолго. Сначала на сторону самозванца перешли казаки и калмыки, а через некоторое время и солдаты. «Только одни афицеры, собравшись в одну кучку, противились и стреляли из ружей», однако в конечном счете и их «перехватали». Пленников разоружили и отправили в Берду, где офицеров посадили под караул, а солдат оставили на свободе. Пугачев допросил арестованных Чернышева и его офицеров, после чего приказал их повесить.
Отряду Корфа удалось прорваться в Оренбург, так как он, получив вести о судьбе Чернышевского отряда, пошел к Оренбургу другой дорогой. Бунтовщики настигли и атаковали его только у самого города, но были отбиты. Получив подкрепление примерно в 2400 человек регулярных и нерегулярных, осажденные решили на следующий же день напасть на повстанцев. Корпус, направлявшийся против «злодеев», возглавил оренбургский комендант Валленштерн. В его распоряжении было около 2500 человек и 26 орудий. Отряд Валленштерна двинулся на Берды. Навстречу им вышел десятитысячный повстанческий отряд при сорока орудиях. Восставшие открыли артиллерийский огонь по правому крылу правительственных войск, а многочисленная пугачевская конница довершила успех. Валленштерну пришлось отступить. Бунтовщики стали в упор стрелять из пушки по отступающим, «через что в большое замешательство всё войско пришло и скорым маршем под прикрытие своей крепостной артиллерии поспешили в город». Для их поддержки губернатор выслал отряд яицких казаков во главе с Мартемьяном Бородиным, который заставил бунтовщиков отойти на исходные позиции.
Генерал Кар уже понимал, что без серьезного подкрепления с самозванцем не справиться. В Военную коллегию он сообщал, что «в прибавок ко всем наряженным командам» ему требуется пехотный полк, «да полки ж карабинерной и гусарской», оружие, седла, подводы, «артиллерия со всеми служителями», и предупреждал, что в противном случае будет весьма тяжело справиться с бунтовщиками, ибо «по генеральному в сем краю колебанию и застращиванию народов куды б сей злодей не пошел, везде принят будет».
Однако, не дожидаясь подкрепления, Кар передал командование генерал-майору Фрейману и самовольно отправился в Петербург. Как объяснил Кар в письме от 11 ноября президенту Военной коллегии Чернышеву, ехал он в столицу «для переговору» «о многих сего края подробностях». Правда, чуть позже Кар из-за болезни изменил свое решение и направился для лечения сначала в Казань, а затем в Москву. В Петербурге были крайне недовольны его поступком, поначалу пытались вернуть его назад, а потом отправили в отставку. Его сменил 44-летний генерал-аншеф Александр Ильич Бибиков, проявивший себя как на военной, так и на гражданской службе.
Военную карьеру Бибиков начал в 1746 году, принимал участие в Семилетней войне. В феврале 1762 года он был произведен в генерал-майоры, в 1763—1764 годах усмирял восставших заводских крестьян на Урале, в 1767-м был маршалом (председателем) Уложенной комиссии, в 1771 году возглавлял экспедиционный корпус, сражавшийся против мятежных конфедератов в Польше, и получил чин генерал-аншефа и орден Александра Невского. В июле 1773 года Бибиков был назначен командовать корпусом, который из Польши отправлялся на турецкий фронт. Однако Бибиков счел это назначение немилостью и попросил разрешения приехать в Петербург, где и получил новое назначение.
Для подавления бунта Бибиков был наделен чрезвычайными полномочиями — императрица приказала беспрекословно подчиняться ему всем местным духовным, военным и гражданским властям. Правительство также командировало в Казань дополнительные силы для борьбы с Пугачевым: Изюмский гусарский полк, располагавшийся тогда в Ораниенбауме, а также 2-й гренадерский и Владимирский пехотный полки, квартировавшие соответственно в Нарве и Шлиссельбурге. Из Петербурга было отправлено шесть орудий, а некоторые части из Польши переводили в Смоленск и Петербург, чтобы в случае надобности двинуть их против Пугачева. Однако Бибиков посчитал, что выделенных сил будет недостаточно, а потому было решено отправить из Кексгольма в Казань Архангелогородский карабинерный полк, а еще двум полкам (лейб-кирасирскому и драгунскому) было приказано прибыть в Новгород и Вязьму.
Екатерина посоветовала Бибикову отправиться в Казань и уже там дожидаться «прибытия войск», а заодно «наблюдать бдительным оком все движения и предначинания возмутителей, дабы, познав прямо их силы, их связь в земле, их ресурсы в пропитании, их внутреннее между собою управление... поднять на них оружие и действовать наступательно с того поверхностию, каковую мужество, просвещением и искусством руководствуемое, долженствует всегда иметь пред толпою черни, движущеюся одним бурным фанатизма духовного или политического вдохновением и помрачением». По прибытии в Казань ему следовало собрать местное дворянство и «живыми красками» описать «настоящее бедственное состояние» соседней Оренбургской губернии и предупредить об опасности, которая грозит в случае распространения бунта на их край. Поэтому для своей защиты и для защиты отечества дворяне на свои средства должны были создать ополчение, которым Бибиков в случае надобности мог бы воспользоваться.
Получив наставление императрицы, Бибиков поехал в Казань, куда прибыл в ночь на 26 декабря 1773 года. Новый главнокомандующий вез с собой составленный еще 29 ноября екатерининский манифест «для открытия глаз ослепленной черни», который обнадеживал прощением раскаявшихся мятежников и грозил истреблением непокорным, а также обещал вознаграждение за поимку Пугачева. Кроме Бибикова бороться с мятежом отправились еще несколько офицеров, в том числе генерал-майор П.Д. Мансуров, генерал П.М. Голицын, полковник Ю.Б. Бибиков, а также подпоручик лейб-гвардии Преображенского полка Гаврила Державин. Под начало Бибикова поступали также офицеры, составившие особую комиссию, впоследствии названную секретной, занимавшуюся следствием по делу пугачевцев. Среди прочих в нее вошел капитан-поручик лейб-гвардии Семеновского полка Савва Иванович Маврин. Кстати, именно ему первому довелось допросить самозванца.
В то время как происходила смена главнокомандующих, а потом Бибиков ехал в Казань, главное войско Пугачева стояло под Оренбургом, а отдельные отряды бунтовщиков захватывали все новые территории. Отряд во главе с беглым крестьянином Ильей Араповым захватил ряд крепостей Самарской линии, а 25 декабря 1773 года и саму Самару — правда, ненадолго: спустя четыре дня они были выбиты из города командой майора Муфеля. Отряду под руководством Михаила Толкачева удалось осуществить казачью мечту — 30 декабря он наконец-то взял Яицкий городок, однако крепостью (ретраншментом), которую защищал гарнизон во главе с подполковником Симоновым, так и не овладел. Отряд во главе с самим Пугачевым не смог захватить расположенную в 110 верстах к востоку от Оренбурга Верхнеозерную крепость, зато в 40 верстах от нее восставшие овладели Ильинской крепостью. «...можно почесть за счастие, — писала Екатерина II М.Н. Волконскому 1 декабря 1773 года, — что сии канальи привязались два месяца целые к Оренбургу, а не далее куда пошли». Несмотря на большое желание взять Оренбург, «Петр III» теперь уже не пытался штурмом овладеть городом, а хотел взять его измором. В Оренбурге тем временем «показывалась во всем нужда крайняя». Академик Рычков обрисовал ситуацию в письме от 25 ноября: «Наши обстоятельства такие, каких с начала сдешнего города не бывало... я от роду моего не видывал».
В начале декабря Пугачев отправил одного из своих главных соратников Ивана Зарубина-Чику на захват Уфы. Однако штурмом ее взять не удалось, город взяли в осаду, которая продолжалась до конца марта 1774 года, пока уфимцев не выручил подошедший полковник Михельсон. Стоит отметить, что Зарубину подчинялись не только осаждавшие город восставшие, но и другие отряды, например в Нагайбаке, Исетской и Пермской провинциях и Западной Сибири. По замечанию историка Н.Ф. Дубровина, Зарубин стал «хозяином всего Закамского края».
В ноябре—декабре 1773 года восстание охватило большую часть Оренбургской губернии и перекинулось на отдельные территории соседней с ней Казанской губернии. Именно в эти месяцы население Башкирии гораздо решительнее и активнее, нежели прежде, примыкало к самозванцу. Можно говорить чуть ли не о всеобщем бунте «башкирцев» и весьма деятельном участии в нем других народностей, населявших эту территорию. В войске самозванца к тому времени, по мнению историков, от двадцати до сорока пяти тысяч человек, а общее число людей, вовлеченных в восстание во всех регионах, доходило до 100 тысяч человек. Чтобы управлять ими, Пугачев создал «Военную коллегию», которая выполняла роль административно-военного центра и вела обширную переписку с отдаленными районами восстания, рассылая манифесты и указы, в том числе в районы, где еще не велись боевые действия. Кроме того, коллегия распоряжалась сбором и перераспределением денежной казны, провианта, боеприпасов и фуража, а также выполняла функцию высшей судебной инстанции. Судьями Военной коллегии были назначены А.И. Витошнов, М.Г. Шигаев, Д.Г. Скобычкин и И.А. Творогов, «думным» дьяком — И Я. Почиталин, секретарем — М.Д. Горшков.
Помимо Военной коллегии при Пугачеве была заведена и «Тайная Дума», члены которой «…почасту входя к Пугачеву, в палатку никого не допуская, производят советы; а секретов их протчим слышать не можно», в состав которой вошли походный атаман А. Овчинников, дежурный Е. Давилин, полковники А. Перфильев, Ф. Чумаков, И. Творогов, Садык Сеитов от каргалинских татар и башкир Кинзя Арсланов, в качестве переводчика Идеркей Баймеков. Главным атаманам армии были присвоены имена важнейших сановников империи: Чика-Зарубин отныне именовался «графом Чернышевым», атаман Овчинников — «графом Паниным», Максим Шигаев стал «графом Воронцовым», Федор Чумаков — «графом Орловым».