Про таинственную болезнь Пугачева, поразившую его незадолго до бунта, историкам было известно как до революции, так и после нее. Во время Русско-турецкой войны 1769 года Пугачеву за мужество и храбрость присвоили звание хорунжего (старший лейтенант казачьих войск). Именно в это время Емельян обращается к начальству, генералу графу Панину, с просьбой разрешить ему съездить на побывку домой. В архиве сохранилась докладная записка одного из офицеров, в которой указывается, что у Пугачева «гнили руки и ноги».
В то время гнойное поражение кожи встречалось у солдат действующей армии довольно часто. Пиодермия возникала на фоне снижения иммунитета, однообразного питания и плохих гигиенических условий. Болезнь у Пугачева развивалась стремительно: появился жар, мучили приступы лихорадки. Скорее всего, это были признаки абсцесса — скопление гноя под кожей.
Тем временем воспаление стало распространяться по телу, гнойники появились на груди и на голенях. После заживления гнойники оставляют рубцы, и именно их Пугачев показывал в качестве доказательства своего царского происхождения, называя «царской отметиной». Некоторые историки полагают, что такие шрамы могли появиться и после того, как лекари вскрывали гнойники с помощью пинцетов — такой способ лечения практиковался в армии того времени.
Немного оправившись, Пугачев с помощью писаря подает рапорт руководству с просьбой дать ему отставку по болезни. Но отставку ему не дали, только отпустили домой на побывку. В январе 1771 года полковник Кутейников направил его на Дон в составе команды из ста казаков для замены лошадей. Дома его «болезнь не умалилась, а умножилась», поэтому он нанял вместо себя казака Глазуновской станицы Михайлу Бирюкова, отдав тому «две лошади с седлами, саблю, бурку, зипун синей, харч всякой и денег 12 рублев». Проболев дома около месяца, Пугачев по совету станичных стариков отправился в Черкасск проситься в отставку. В Черкасске Пугачев остановился у матери сослуживца по Турецкой кампании вдовы Скоробогатой, которая посоветовала для лечения болячек использовать баранье легкое. Емельян воспользовался ее рецептом: «покупая лехкое, три дни к ногам прикладывал». И если верить его показаниям, от этих процедур «стало ему несколько лехче». Здоровье его пошло на поправку, но Емельян решил не возвращаться в армию. Он скрылся в степях у староверов.
Какой болезнью страдал Емельян Пугачев, точно неизвестно. Современные исследователи высказывали предположения, что Пугачев болел чумой или сифилисом, но они не нашли подтверждения. Эпидемии чумы в том регионе в тот год не было, а симптомы сифилиса уже тогда лекари хорошо знали, так как он был сильно распространен в то время, и не могли его пропустить. Предположительно, он болел пиодермией (гнойные воспалительные заболевания кожи, вызываемые разнообразными возбудителями (стафилококки, стрептококки, пневмококки, кишечная палочка, синегнойная палочка и др.)). В настоящее время в лечении пиодермии главную роль отводят антибиотикам: при легкой форме назначают местнодействующие препараты, при более тяжелых формах — инъекции. Гнойники по мере появления вскрывают в стерильных условиях и ставят дренажи для оттока оставшегося гнойного содержимого. При хронической форме заболевания рекомендуют иммунотерапию. Прогноз благоприятный.