После поражения под Казанью Пугачев с остатками армии ушел к северу, в сторону Кокшайска, у которого 16 и 17 июля повстанцы переправились на правый берег Волги. Не исключено, что поначалу отряд мятежников, ушедший из-под Казани, был не таким уж маленьким. Так, по свидетельству Ивана Творогова и Федора Чумакова, с Пугачевым в то время было «тысячи три», причем большую часть составляли башкиры. Однако вскоре почти все «башкирцы», за исключением старшины Кинзи Арсланова, покинули «Петра Федоровича». На допросе в Яицком городке Пугачев рассказывал, что к вечеру 16 июля его войско составляло «сот пять». Впрочем, из показаний на большом московском допросе следует, что к указанному времени в его отряде было «человек до тысячи конных». Переправившись через Волгу у Кокшайска, ниже села Сундырь, Пугачев рассылал по русским, чувашским, татарским и мордовским деревням и помещичьим поместьям казаков для создания новых отрядов и пополнил свою армию тысячами крестьян.
Куда же направился Пугачев? Если исходить из его публичных заявлений, то с самого начала восстания его путь лежал на Москву, а затем на Петербург. О походе на Москву говорилось не только устно, но и письменно — например, в манифестах самозваного «императора». С другой стороны, еще до поражения под Казанью возникла, а через некоторое время после него окончательно оформилась мысль о походе на Дон. Возможно, никакого противоречия тут не было. Из показаний некоторых повстанцев следует, что на Дон самозванец шел, чтобы забрать там боеприпасы, артиллерию и пополнить войско тамошними казаками, после чего двинуться на Москву.
Верил ли сам Пугачев в то, что подобные планы осуществимы? На допросе в Яицком городке он говорил: «Дальнаго намерения, чтобы завладеть всем Российским царством, не имел, ибо, разсуждая о себе, не думал к правлению быть, по неумению грамоте, способен». На большом московском допросе Пугачев заявлял, что о походе на Москву «говаривал он к ободрению воровской своей шайки, а сам он в Москву итти не хотел, потому што, зная он о себе, что казак, как бы ему возможно в Москву появитца? ибо в Москве, думал он, что все покойного государя знавали». Едва ли самозванец хотел идти и на Дон, ведь там многие «знавали» его как Емельяна Пугачева. Куда же в таком случае направлялся «амператор» со своим войском после поражения под Казанью? На этот вопрос Пугачев ответил — правда, весьма неопределенно — на допросе в Яицком городке: переправившись через Волгу, он «пробирался на Низ, куда бы разсудилось».
«Переправа Пугачева, — писал А.С. Пушкин, — произвела общее смятение. Вся западная сторона Волги восстала и передалась самозванцу. Господские крестьяне взбунтовались; иноверцы и новокрещеные стали убивать русских священников. Воеводы бежали из городов, дворяне из поместий; чернь ловила тех и других и отовсюду приводила к Пугачеву». В другом месте Пушкин добавлял: «Пугачев бежал; но бегство его казалось нашествием. Никогда успехи его не были ужаснее, никогда мятеж не свирепствовал с такою силою».
Потрясенный неожиданным падением Казани и перепуганный размахом движения, главнокомандующий Щербатов «всеподданнически» доносил Екатерине 27 июля, что «не только там наполняются заразою бунта, где сам злодей присутствен, но и в дальних местах повсюду ему приклоны и с доброю волею его злодейские понуждения исполняют, жертвуя имуществом и животом своим, и со всех сторон к ему стекаются. Едва только успел он опрокинуться за Волгу, как все, наполняющие Чебоксарский и Козмодемьянский уезды иноверцы наполнились возмущением, и, делая скопы, начали уже производить злодейства и свирепствуя, убивая священников».
Повсюду начался разгром поместий и расправы над помещиками и чиновниками. Часть новокрещенных чувашей и марийцев отводили злобу на представителях духовенства, громили церкви. Во второй половине июля 1774 года пугачевская армия захватила города Цивильск, Курмыш, Алатырь и Саранск. В начале августа Пугачев овладел Пензой и Петровском, а 6 августа взял Саратов. Затем были захвачены Камышин (Дмитриевск) и Дубовка. 21 августа самозванец вышел к Царицыну. Успеху пугачевской армии способствовало не только сочувствие «черни», но и то, что здешние гарнизоны ввиду их малочисленности и небоеспособности редко оказывали сопротивление бунтовщикам. Помимо основных повстанческих сил, действовали отдельные отряды, поднимавшие на восстание главным образом крестьян. Некоторые отряды отделились от главной армии, а другие возникали самостоятельно, не были связаны с повстанческим руководством и лишь выступали от имени Петра III. Повстанческие отряды почти одновременно появились в Нижегородском, Козмодемьянском, Свияжском, Чебоксарском, Ядринском, Курмышском, Алатырском, Пензенском, Саранском, Арзамасском, Темниковском, Шацком, Керенском, Краснослободском, Нижнеломовском, Верхнеломовском, Борисоглебском, Хоперском, Тамбовском и других уездах и городах Нижегородской, Казанской и Воронежской губерний.
На следствии в Москве Пугачев довольно подробно припоминал этот период восстания. Особое внимание он уделил рассказу о пребывании бунтовщиков в Алатыре, куда они вступили 23 июля 1774 года. Жители встретили повстанцев еще за городом «с хлебом и с солью, а попы — с крестами». Предводителю мятежников запомнилось, что один из священников был «в шапке с каменьями», которая была «как быть золотая». Войдя в город, самозванец проследовал в церковь, где «пели попы молебен, поминая государя Петра Федоровича, Павла Петровича и великую княгиню» (жену Павла Петровича Наталью Алексеевну). Потом был торжественный обед у одного поручика, перешедшего на сторону Пугачева. Здесь, как вспоминал самозванец, он с товарищами «пили чарки по три вотки». После обеда «амператор» сделал несколько распоряжений: велел забрать «казну и порох», выдать повстанцам «соли на каждого по три фунта без денег», освободить из местной тюрьмы заключенных, а также вылить «вино казенное» на землю, поскольку «ворвавшияся в город казаки стали пьянствовать». Местные жители пожаловались ему на грабежи. «И он, услыша оную жалобу, поехал по городу сам и казаков выгнал».
28 июля на центральной площади Саранска был зачитан указ о вольности для крестьян, жителям были розданы запасы соли и хлеба, городскую казну «ездя по городовой крепости и по улицам... бросали набегшей из разных уездов черни». 31 июля такая же торжественная встреча ожидала Пугачева в Пензе, где также был прочитан манифест:
«Божиею милостию, мы, Петр Третий, император и самодержец Всероссийский и протчая, и протчая, и протчая.
Объявляется во всенародное известие.
Жалуем сим имянным указом с монаршим и отеческим нашим милосердием всех, находившихся прежде в крестьянстве и в подданстве помещиков, быть верноподданными рабами собственной нашей короне; и награждаем древним крестом и молитвою, головами и бородами, вольностию и свободою и вечно казаками, не требуя рекрутских наборов, подушных и протчих денежных податей, владением землями, лесными, сенокосными угодьями и рыбными ловлями, и соляными озерами без покупки и без оброку; и свобождаем всех от прежде чинимых от злодеев дворян и градцких мздоимцов-судей крестьяном и всему народу налагаемых податей и отягощениев. И желаем вам спасения душ и спокойной в свете жизни, для которой мы вкусили и претерпели от прописанных злодеев-дворян странствие и немалыя бедствии.
А как ныне имя наше властию всевышней десницы в России процветает, того ради повелеваем сим нашим имянным указом: кои прежде были дворяне в своих поместиях и водчинах, — оных противников нашей власти и возмутителей империи и раззорителей крестьян, ловить, казнить и вешать, и поступать равным образом так, как они, не имея в себе христианства, чинили с вами, крестьянами. По истреблении которых противников и злодеев-дворян, всякой может возчувствовать тишину и спокойную жизнь, коя до века продолжатца будет.
Дан июля 31 дня 1774 году.
Петр».
Указы «императора Петра Федоровича» вызвали в Поволжье многочисленные крестьянские мятежи, разрозненные отряды, действовавшие в пределах своих поместий, насчитывали десятки тысяч бойцов. Движение охватило большинство поволжских уездов, подошло к границам Московской губернии, реально угрожало Москве.
Издание указов (фактически — манифестов об освобождении крестьян) в Саранске и Пензе называют кульминацией Крестьянской войны. Указы произвели сильнейшее впечатление на крестьян, на скрывающихся от преследований старообрядцев, на противоположную сторону — дворян и на саму Екатерину II. Воодушевление, охватившее крестьян Поволжья, привело к тому, что в восстание было вовлечено население численностью более миллиона человек. Они ничего не могли дать армии Пугачева в долговременном военном плане, так как крестьянские отряды действовали не далее своего поместья. Но они превратили поход Пугачева по Поволжью в триумфальное шествие, с колокольными звонами, благословением деревенского батюшки и хлебом-солью в каждом новом селе, деревне, городке. При подходе армии Пугачева или отдельных ее отрядов крестьяне вязали или убивали своих помещиков и их приказчиков, вешали местных чиновников, жгли поместья, разбивали магазины и лавки. Всего летом 1774 года были убиты не менее 3 тысяч дворян и представителей власти.
Описывая последний этап пугачевщины, все без исключения исследователи отмечают активное участие в восстании крестьянства. И хотя термин «крестьянская война» главным образом стал использоваться лишь в советское время, уже дореволюционный историк А.Г. Брикнер писал: «Перекинувшись на правый берег Волги, бунт все более и более принимал характер крестьянской войны». При этом, однако, следует помнить, что, как правило, здешние крестьяне поднимались на восстание только после того, как главная армия мятежников вступила на правый берег Волги и к ним пришли пугачевские посланцы.
Во второй половине июля 1774, когда пламя Пугачевского восстания приближалось к границам Московской губернии и угрожало самой Москве, встревоженная императрица вынуждена была согласиться на предложение канцлера Н.И. Панина о назначении его брата, опального генерал-аншефа Петра Ивановича Панина, командующим войсковой экспедицией против мятежников. Генерал Ф.Ф. Щербатов был изгнан с этого поста 22 июля, и указом от 29 июля Екатерина II наделила Панина чрезвычайными полномочиями «в пресечении бунта и восстановлении внутреннего порядка в губерниях Оренбургской, Казанской и Нижегородской». Примечательно, что под командованием П.И. Панина, получившего в 1770 году за взятие Бендер орден св. Георгия I класса, отличился в том бою и донской хорунжий Емельян Пугачев.
После триумфального вхождения Пугачева в Саранск и Пензу, после того, как отдельные отряды местных повстанцев взяли городки Наровчат, Темников, Троицк, Инсар, Нижний Ломов, все ожидали его похода к Москве. В Москву, где еще были свежи воспоминания о Чумном бунте 1771 года, были стянуты семь полков под личным командованием П.И. Панина. Московский генерал-губернатор князь М.Н. Волконский распорядился поставить рядом со своим домом артиллерию. Полиция усилила надзор и рассылала в людные места осведомителей — с тем, чтобы хватать всех сочувствовавших Пугачеву. Михельсон, получивший в июле звание полковника и преследовавший мятежников от Казани, повернул к Арзамасу, чтобы перекрыть дорогу к старой столице. Генерал Мансуров выступил из Яицкого городка к Сызрани, генерал Голицын — к Саранску, полковник Хорват — к Симбирску.
Ввиду того что Россия победно завершила войну с турками (10 июля 1774 года в болгарской деревушке Кючук-Кайнарджи был заключен мирный договор), правительство могло бросить против Пугачева значительные силы. Как заметила Екатерина, против Пугачева «столько наряжено войска, что едва не страшна ли таковая армия и соседям была». В августе 1774 г. был отозван из 1-й армии, находившейся в придунайских княжествах, генерал-поручик Александр Васильевич Суворов, в ту пору уже один из успешнейших российских генералов. Панин поручил Суворову командование войсками, которые должны были разбить основную пугачевскую армию в Поволжье.