Вскоре после победы над пугачевцами в Татищевой крепости для захвата Бердской слободы был отправлен секунд-майор Зубов «с нескольким числом егерей, яицких и оренбургских казаков, которые в ту слободу без всякого сопротивления и вступили». Из бывшей пугачевской столицы Зубов отправил в Оренбург пушки, боеприпасы, провиант и деньги. По всей видимости, вслед за военными в Берду потянулись и городские обыватели. По крайней мере, П.И. Рычков пишет: «...носился в городе слух, что в Берде городскими людьми учинены были великие грабительства и хищения, и якобы многие пожитки, в руках злодеев находившиеся, разными людьми вывезены в город».
А вот Пугачеву пока было не до «грабительств». 26 марта, не доходя до Переволоцкой крепости, его разведчики обнаружили неприятеля, Пугачев понял, что вперед путь отрезан. Он приказал «для облехчения» бросить часть своих пушек и сжечь бумаги «Военной коллегии». Так погиб для истории бесценный архив повстанческой армии. Состоялось совещание. Предводитель и его ближайшие соратники в растерянности искали выход из создавшегося положения. Один за другим обсуждались и отвергались предложения и планы дальнейших действий. Наконец слово взял Кинзя Арсланов. Он пообещал, что, в случае ухода в Башкирию, он уже через десять дней может привести десять тысяч человек. Это предложение было принято с радостью. Опасаясь встречи с отрядом Голицына, повстанцы решили повернуть назад в Сакмарский городок. По дороге 27 марта они заехали в Каргалу (Сеитову слободу). Оставив в Каргале казачий отряд «человек с пятьсот» во главе с Тимофеем Мясниковым, в тот же день прибыли в тот же день в Сакмарский городок. Пугачев понимал, что встреча с Голицыным неизбежна. При этом он не собирался в бездействии дожидаться генерала, тем более что к бунтовщикам начало подходить подкрепление из башкир и крестьян. Уже на следующий день повстанцы совершили налет на Бердскую слободу «и причинили там многим смертоубийство, а многих увезли с собою». Это внезапное нападение стало возможным, потому что «около Бердской слободы, для предосторожности и примечания... никаких караулов и разъездов учреждено не было».
В то же время для усмирения Башкирии и снятия осады с Уфы Бибиков сформировал отряд под командованием генерала Ларионова из Томского, Архангелогородского карабинерного, Изюмского гусарского полков и отряда казанского дворянского ополчения. 6 марта была отбита у восставших Нагайбацкая крепость, 8 марта Стерлитамакская пристань, 13 марта разбит отряд Ильи Ульянова в деревне Бакалы. Бибиков требовал скорейшего продвижения к Уфе, но Ларионов медлил. В это время Санкт-Петербургский карабинерный полк под командованием И. Михельсона, расквартированный до этого в Польше и направленный на подавление восстания, прибыл 2 марта 1774 в Казань и, усиленный кавалерийскими частями, с ходу был направлен на подавление восстания. Бибиков приказал Михельсону сменить Ларионова и возглавить объединенный правительственный корпус в Башкирии. 24 марта 1774 года в ожесточенном бою у села Чесноковки Михельсон разгромил войска под командованием Чики-Зарубина, а два дня спустя Зарубин, Губанов, Ульянов были пленены в Табынске. Тем самым была снята еще одна многомесячная осада и был уничтожен еще один важный повстанческий центр, под властью которого находились обширные территории.
Оставив бригаду Мансурова в Татищевой крепости, Голицын 29 марта вступил в Оренбург, а затем двинулся навстречу Пугачеву, чтобы окончательно добить его. В конце марта его войска вошли в Берду, откуда в два часа ночи 1 апреля пошли на бунтовщиков. Тимофей Мясников, находившийся с полутысячным отрядом в Каргале, сообщил Пугачеву о приближении правительственных сил. Пугачев устремился к Каргале, где и началась многочасовая битва. Повстанческая батарея из семи орудий пыталась отбить неприятельскую атаку. Однако вскоре восставшим пришлось отступить по направлению к Сакмарскому городку. Правительственный отряд ворвался в Сакмарский городок, а Пугачеву, всегда имевшему наготове лошадей, с остатками войск (около пятисот человек) пришлось бежать к Пречистенской крепости, а оттуда за излучину реки Белой, в горнозаводской край Южного Урала, где восставшие имели надежную поддержку. В сражении 1 апреля погибли 400 повстанцев и 2813 человек попали в плен, в их числе такие видные бунтовщики, как Тимофей Подуров, Андрей Витошнов, Иван Почиталин, Максим Горшков. Сдался властям и пугачевский секретарь и переводчик Балтай Идеркеев. Несколькими днями позже были арестованы Тимофей Мясников и Максим Шигаев. Потери голицынского отряда составляли восемь раненых кавалеристов.
Победа над главным пугачевским войском позволила правительственным силам начать наступление вниз по Яицкой линии, конечной целью которого являлось освобождение Яицкого ретраншемента, который уже на протяжении нескольких месяцев находился в осаде. В крепости с нетерпением ждали подмоги, ибо положение осажденных с каждым днем ухудшалось — «лазареты больными и ранеными преисполнились», а продовольствие было почти на исходе.
В начале апреля бригада П.Д. Мансурова, подкрепленная Изюмским гусарским полком и казачьим отрядом яицкого старшины М.М. Бородина, направилась к Яицкому городку. Были взяты у пугачевцев крепости Нижнеозерная и Рассыпная, Илецкий городок, 12 апреля было нанесено поражение казакам-повстанцам у Иртецкого форпоста. Стремясь остановить продвижение противника к Яицкому городку, казаки во главе с А.А. Овчинниковым, А.П. Перфильевым и К.И. Дехтяревым решили выступить навстречу Мансурову. Встреча произошла 15 апреля в 50 верстах восточнее Яицкого городка, у реки Быковки. Ввязавшись в бой, казаки не смогли противостоять регулярным войскам и начали отступление, постепенно перешедшее в паническое бегство. Преследуемые гусарами, казаки отступили к Рубежному форпосту, потеряв из шестисот более сотни человек убитыми, среди которых оказался и Дехтярев. Собрав оставшихся людей, атаман Овчинников глухими степями повел отряд к Южному Уралу на соединение с войсками Пугачева.
В Яицком городке о поражении под Татищевой узнали от прибывшего походного атамана Андрея Овчинникова. Неизвестно было, остался ли в живых сам «государь». Новость сообщили «императрице» Устинье Петровне, и она «очень печалилась». 14 апреля Овчинников с отрядом примерно в 500 казаков вышел навстречу правительственным войскам. Он пытался остановить Мансурова, но 15 апреля был разбит им на реке Быковке между Генварцевским и рубежным форпостами, «верст за пятьдесят» от Яицкого городка. Повстанцы потеряли все пушки и знамена, а также сотню человек убитыми. Несколько пугачевцев было захвачено в плен, а остальные разбежались. Среди спасшихся бегством были походный атаман Овчинников и повстанческий старшина Афанасий Перфильев.
После возвращения части беглецов в Яицкий городок там поднялась тревога и началась страшная суета. По свидетельству очевидца, все бегали по улицам и переулкам, как будто «пожар где случился». Казаки не стали дожидаться подхода отряда Мансурова, а решили сдаться осажденным. Комендант Симонов потребовал от них доставить в ретраншемент Никиту Каргина, Михайлу Толкачева и прочих старшин, а также жену Пугачева Устинью «с ея ближним штатом». Все было исполнено (впрочем, есть данные, что бунтовщики сразу привели с собой арестованных предводителей). На следующий день, 16 апреля, в городок вошел генерал Мансуров, окончательно освободив городскую крепость, осажденную с 30 декабря 1773 года. Были арестованы многие так или иначе причастные к восстанию, например родственники Устиньи, в том числе ее отец, а также старый знакомый Пугачева Денис Пьянов. Предводители бунтовщиков Каргин и Толкачев были повешены, а Кузнецов и Пьянов умерли во время следствия.
Бежавшие из городка в степь мятежные казаки не смогли пробиться к основному району восстания. В мае—июле 1774 года команды бригады Мансурова и казаки старшинской стороны искали и громили в прияицкой степи, вблизи рек Узеней и Иргиза, повстанческие отряды Ф.И. Дербетева, С.Л. Речкина, И.А. Фофанова. В то же время правительственные войска успешно справлялись с пугачевцами и в других местах. Так, еще в начале апреля подошедший со стороны Екатеринбурга корпус секунд-майора Гагрина нанес поражение находившемуся в Челябинске отряду Туманова. А 1 мая командой подполковника Д. Кандаурова, подошедшей из Астрахани, был отбит у мятежников Гурьев городок.
9 апреля в Бугульме от лихорадки умер главнокомандующий А.И. Бибиков. Командование войсками после него Екатерина II поручила генерал-поручику Ф.Ф. Щербатову, как старшему по званию. Разумеется, смерть такого деятельного военачальника была большой потерей для Екатерины II и ее сановников. Впрочем, победа, одержанная над бунтовщиками под руководством Бибикова, казалась правительству настолько полной, что оно не посчитало нужным давать новому главнокомандующему князю Щербатову такие же чрезвычайные полномочия, какими обладал Бибиков, а потому вернуло гражданские и административные функции губернаторам, оставив Щербатову лишь руководство войсками.
Когда новый главнокомандующий генерал-поручик князь Щербатов вступил в должность, разные отряды и команды подчиненных ему офицеров занимались вылавливанием пугачевцев и их партий. В районе Самарской линии они несколько раз отбили попытки калмыков перейти реку Самару и уйти в Башкирию на соединение с Пугачевым. 23 мая на реке Грязнухе подпоручик Байков разгромил отряд калмыков Ф.И. Дербетева; в плен попало около 200 человек, предводитель вскоре умер от раны. Особый отряд Берглина, посланный из Казани, занял Осу, разогнал «толпу» башкир около села Крыдова на реке Тулве. Между Кунгуром и Красноуфимском отряд подполковника Папова старался предотвратить новые волнения местных жителей.
Вдогонку за Пугачевым генерал Голицын послал из Сакмарского городка два отряда: генерала Фреймана — по Уфимской дороге, подполковника Аршеневского — по Ново-Московской дороге. Генерал Станиславский и полковник Ступишин должны были преградить путь Пугачеву в верховьях Яика, у Верхне-Яицкой крепости. Следить за действиями Пугачева приказали также бригадиру Фейервару, коменданту Троицкой крепости (восточнее Верхне-Яицкой, на реке Уй), и майору Гагрину, находившемуся у Челябинска (севернее Троицкой). Михельсону, который находился в Уфе, генерал приказал скорее выступить на восток, тоже против Пугачева. Но весенний разлив рек задержал Михельсона в Уфе, Фреймана — в Табынске, где к нему присоединился Аршеневский.