Когда Российский Двор узнал о возмущении Пугачева и о нападении на Казанскую Губернию, то принял настоящие меры и усилил войско, находящееся в тех странах, поручивши главное начальство генералу Бибикову. Сей последний, знавши из ясных доказательств военные дарования Михельсона, послал его в сходственность своего плана с одним отрядом. Михельсон разбил бунтовщика при Уфе, освободил сей, пришедший в крайность, город, и взял в плен одного злодея, который назвал себя графом Чернышевым. Михельсон гнал бунтовщиков с неутомимою деятельностью, нападал на них с величайшим мужеством и решительностью. Когда ж бунтовщик обратил всю свою злобу на Казань, которую разорил и сожег почти до основания, тогда Михельсон, воспламеняемый ревностью и состраданием, напал на сих бунтовщиков с отменною храбростию, которая была отличительною чертою в его жизни, предводительствуя храбрыми воинами, он решил судьбу сего города. Сражение было весьма упорное и кровопролитное, но Михельсон три дни сряду наносил врагам жесточайшие удары, он преследовал бегущего злодея в Астрахань, догнал его, напал и опять разбил наголову и прогнал за Волгу. Пугачев, у которого подобно Лернейской Гидре, беспрестанно вырастали новые головы, не мог уже более противиться неутомимости преследующего его неприятеля, убежал в тамошние степи, где Михельсоном был заперт и стеснен так, что всякой дальнейший выход был ему воспрепятствован. Наконец страх и ужас наказания и надежда прощения принудили сообщников его оставить, а другие, наскучивши такою продолжительною трагедиею, сами схватили его и отвезли в Яик, где и отдали стоявшему там генералу Мансурову, который посадя его в железную клетку под крепким караулом отослал в Москву, где за бесчисленные свои злодеяния вместе с своими сообщниками он получил достойное возмездие.